中共廣州市花都區委黨校的前身為花都市委黨校，2000年7月10日，撤市設區而改稱為花都區委黨校（花都區行政干部學校）。由區委副書記擔任黨校校長，業務上接受上級黨校指導。學校內設機構5個：辦公室、教務室、總務室、教研室、信息電教室。

        辦公室：

        辦公室是主管行政、秘書工作的行政職能部門。主要負責校務的綜合協調和督促檢查工作；負責起草學校的工作計劃、總結和行政事務的公文；信息調研工作；負責文件的收發、傳閱、督辦；負責機構編制、黨務、組織、人事、宣傳、信訪、檔案、保密、計劃生育、關工等工作；負責學校和干部個人考核、機關作風建設等工作。

        教務室：

        教務室是教學事務的工作部門，主要負責教學工作的綜合管理。全面管理各項日常教學工作，檢查教學進度，做好教學質量的評估工作；負責各種班次班級活動的組織安排；負責學習檔案管理，協同組織人事部門，對學員進行考核、考察；負責教材、教學資料的訂購、領取及資料的復印、打印、核對、裝訂、發放和歸檔等工作；管理圖書室、閱覽室；負責教學工作的對外聯系，協調有關職能部門完成其他培訓工作。

        總務室：

        總務室是負責學校后勤管理的工作部門。負責校園基礎設施的規劃建設、固定資產管理、校園物業及臨聘人員管理工作；負責工資福利、單位經費預決算、公費醫療管理和財務日常管理、內部審計等工作；負責報刊的征訂、辦公用品及物資的預算、采購、供應、管理相關工作；負責扶貧、綜治管理、平安創建、公車管理等工作；負責會務接待后勤保障等工作；負責離退休干部職工的服務與管理服務等。

        教研室：

        教研室是教學實施和理論研究的工作部門，主要負責擬定并組織實施教學計劃，具體安排課程，承擔課堂教學任務；聯系及選聘教員；掌握學員思想、學習動態，了解教學效果及學員對教學的要求，幫助學員解決學習困難；擬定并組織實施教學研究和理論研究計劃，安排教員業務進修；組織學術研究成果經驗的交流，協調教學與理論研究的關系，促進教研一體化；圍繞區委、區政府的中心工作，結合區情參與調查研究；參與區委相關講師團的宣講；負責區黨建學會相關工作的組織開展。

        信息電教室：

        信息電教室是利用信息資源和電教手段為教學提供服務的工作部門。主要負責區委黨校信息化系統的規劃、建設、管理與維護，負責黨員電化教育、多媒體教學的輔助保障工作；負責學校網站集約化平臺的信息發布和后臺管理，搭建黨校展示形象、溝通信息、資源共享、工作延伸的平臺，協助有關部門對區委黨校信息化工作進行業務指導等。